Lorsque l'indépendance de l'Algérie est proclamée, en juillet 1962, plusieurs Européens et harkis quittent le pays pour se rendre en France. D'autres, restés au pays, seront victimes d'une sévère répression.
Les harkis sont des Algériens musulmans qui combattirent aux cotés de l'armée française pendant la lutte pour l'indépendance. Selon un rapport des Nations unies (ONU), on compte en 1962 263 000 harkis en Algérie (soldats, fonctionnaires, membres d'unités auxiliaires ou policières, etc.). Plusieurs sont des vétérans des forces françaises libres qui ont libéré la France en 1944 et servi en Indochine. Avec leurs familles, ils représentent près d'un million de personnes. Durant la guerre d'Algérie, ils sont un élément essentiel dans la politique française de pacification. Après l'indépendance, en 1962, un grand nombre d'entre eux tente de gagner la France, mais les autorités françaises mettent fin rapidement au processus. Seulement entre 10 000 et 20 000 harkis, célibataires et encore membres des forces régulières françaises, sont autorisés à s'embarquer. Les autres sont informés qu'en cas de tentative, ils seront retournés en Algérie. En dépit de cela, plusieurs dizaines de milliers de harkis se seraient rendus en France.
Dans le cadre des accords d'Evian, le Front de libération nationale (FLN) s'engage à ne pas exercer de représailles ou de discrimination. Mais la répression débute le 5 juillet à Oran avec 1500 morts. Des harkis, ainsi que des Européens toujours en Algérie, sont victimes d'un déferlement de violence. Respectant les ordres de Paris, les soldats français encore dans la ville n'interviennent pas. La police algérienne non plus.
Les harkis étant considérés comme des traîtres, la colère populaire est impitoyable. Selon les estimations, de 50 000 à plus de 100 000 harkis ou membres de leurs familles sont torturés et tués. Ceux qui ont quitté pour la France connaissent pour leur part une intégration difficile. Au fil des ans, plusieurs d'entre eux, ainsi que leurs descendants, se mobiliseront pour revendiquer de meilleures conditions. Ils blâmeront aussi les autorités françaises pour le massacre des harkis en Algérie et intenteront même une poursuite contre le gouvernement français.

Au cours des années 1950, la France intègre à son territoire algérien les régions de Tindouf et de Bechar. Lorsqu'il accède à l'indépendance, en 1956, le Maroc veut les récupérer. Puisque ce pays sert de base à la guérilla algérienne, la France lui offre le retour de ces régions en contrepartie de sa neutralité, proposition que le roi Mohamed V refuse.
Par contre, il conclut un accord avec Ferhat Abbas, dirigeant du gouvernement provisoire algérien, pour régler ce différend une fois le conflit avec la France scellé. Après l'indépendance de l'Algérie, en 1962, Abbas est toutefois remplacé par Ahmed Ben Bella, un dirigeant plus radical. L'Algérie est à ce moment plus distante de l'Occident et tiers-mondiste, alors que la monarchie marocaine reste alignée sur les États-Unis. De plus, une situation intérieure difficile en Algérie accentue les tensions en septembre 1963. En dépit d'efforts diplomatiques, des incidents frontaliers mènent au déclenchement de la guerre des sables, le 8 octobre.
Le Maroc, qui a l'appui de la France, prend rapidement l'initiative. Plus fort sur le terrain, il est cependant plus isolé et vulnérable. De plus, il ne veut ni un ennemi hargneux à sa frontière, ni une guerre interminable avec lui. Le roi Hassan II cherche donc à régler le conflit rapidement. Après trois semaines de combat, l'avance marocaine est arrêtée par le début des pourparlers le 29 octobre à Bamako, au Mali. La médiation de l'empereur éthiopien Hailé Sélassié, de l'OUA et la Ligue arabe, favorise un cessez-le-feu qui est signé le 2 novembre.
La guerre fait peu de victimes et pas de véritable gagnant. Malgré cela, une zone démilitarisée est établie entre les deux voisins dont les relations demeureront tendues.

Des tensions persistantes au sein du gouvernement algérien éclatent en juin 1965. Le président Ahmed Ben Bella est renversé par un coup d'État orchestré par les militaires et remplacé par le ministre de la Défense, Houari Boumediene.
La présidence de Ben Bella, élu en 1963, fait l'objet d'une contestation croissante. Il y réagit en limogeant plusieurs membres du gouvernement. Il prévoit faire de même avec le ministre des Affaires étrangères, Abdelaziz Bouteflika, lorsqu'il est renversé par les militaires. La prise du pouvoir donne lieu à quelques altercations, mais l'opposition est vite neutralisée. La figure de proue du coup, le ministre de la Défense Houari Boumediene, prend la tête du gouvernement et du Conseil de la révolution nouvellement formé.
Les militaires jouent un rôle important au sein de ce Conseil de 26 membres. Boumediene justifie l'intervention du 19 juin en dénonçant « La mauvaise gestion du patrimoine national, la dilapidation des deniers publics, l'instabilité, la démagogie, l'anarchie, le mensonge et I'improvisation (qui) se sont imposés comme des procédés de gouvernement » sous Ben Bella.
Les nouveaux dirigeants se disent favorables au non-alignement et à l'unité des pays arabes et africains. Une entente majeure sur les hydrocarbures et le développement industriel est également conclue en juillet 1965 avec la France.
L'adoption d'un modèle de développement socialiste marquera le règne de Boumediene qui se terminera avec sa mort, en 1978. Emprisonné après le renversement de 1965, Ben Bella sera pour sa part libéré en 1981, après quelques années en résidence surveillée.

Des représentants de pays arabes, dont huit chefs d'État, sont réunis à Khartoum, au Soudan, afin d'établir une ligne à suivre quelques mois après la victoire israélienne dans la guerre des Six jours.
La défaite de juin ébranle le leadership du président de la République arabe unie (RAU), Gamal Abdel Nasser, mais ce dernier demeure la figure de proue des pays arabes. À Khartoum, ces derniers tentent d'établir une ligne à suivre, ce qui permet des rapprochements mais crée aussi des déchirements.
Les États pétroliers s'entendent par exemple pour verser de fortes compensations à la RAU et à la Jordanie dont l'économie a été affectée par le conflit. Une autre avancée porte sur la question du Yémen, divisé entre deux groupes. Un premier, favorable à l'instauration d'une république, est appuyé par la RAU, alors que le second, qui souhaite le maintien de la monarchie, a le soutien de la jordanie et de l'Arabie saoudite.
Les parties s'entendent sur un éventuel retrait sous supervision des troupes égyptiennes. Les leaders optent également pour un triple non à l'État hébreu (paix, négociation, reconnaissance) et réaffirment le droit des Palestiniens à leur pays. Malgré un engagement à «à renforcer leur préparation militaire afin de faire face à toute éventualité», les participants à la conférence prônent une ligne modérée.
Adopté en représailles contre l'appui occidental (États-Unis, Royaume-Uni, Allemagne fédérale) à Israël, le boycott des exportations de pétrole est abandonné. Une initiative militaire est également écartée pour le moment, alors que des efforts diplomatiques seront tentés afin de faire reculer les Israéliens des territoires conquis pendant le conflit. Cette recherche d'une «solution politique» n'est pas partagée par la Syrie qui boycotte la rencotre.
Pour différents motifs, l'Organisation de libération de la Palestine, le Yémen et l'Algérie expriment aussi leur mécontentement à l'endroit de la résolution de Khartoum que des observateurs occidentaux perçoivent comme favorable aux modérés.

Après la mort du président Houari Boumédiène, le 27 décembre 1978, le Front de libération nationale (FLN), l'unique parti politique algérien, désigne un seul candidat à sa succession. Le 7 février 1979, Chadli Bendjedid reçoit un appui populaire de 94 % lors des élections nationales et devient le président de l'Algérie.
Depuis l'accession du pays à l'indépendance, en 1962, le système politique algérien repose sur ce que l'on appelle le triangle Armée-État-FLN. La cohésion entre ces trois structures assure une stabilité à l'Algérie durant les années 1970.
Boumédiène meurt en 1978, mais la Constitution de 1967 ne prévoit pas de mécanismes de remplacement à la présidence. Des élections sont organisées. Elles sont remportées en février 1979 par Chadli Bendjedid qui est le seul candidat sur les rangs. Bendjedid est réélu en 1984, mais la stabilité du pays est ébranlée alors que les difficultés économiques entraînent de vives tensions entre les fondamentalistes religieux et le gouvernement.
En 1988, des émeutes éclatent dans les rues d'Alger, faisant 500 morts et 3000 arrestations. Plus qu'un défi à son autorité, le président Bendjedid voit dans ces confrontations un incitatif à adopter de vastes changements sociaux. L'Algérie poursuit donc sa marche vers l'État de droit. Le 3 novembre 1988, le peuple algérien approuve avec une majorité écrasante un amendement constitutionnel qui réduit le rôle politique prépondérant du FLN en attribuant de plus amples responsabilités au premier ministre et en le rendant responsable devant le parlement. Le 9 novembre, un nouveau cabinet est formé en excluant la plupart des anciens membres. Le 22 décembre, Bendjedid est réélu à la présidence avec 81% des voix.

En refusant à l'écrivain Mouloud Mammeri de donner une conférence sur la poésie berbère à l'Université de Tizi-Ouzou, en Kabylie, les autorités algériennes suscitent le mécontentement des étudiants qui occupent l'endroit. L'armée en reprendra le contrôle au terme d'une opération qui fait 32 morts.
Après l'obtention de l'indépendance par l'Algérie, en 1962, les berbérophones de Kabylie, une région du nord du pays, expriment des inquiétudes face aux politiques arabisantes du gouvernement qu'ils perçoivent comme une volonté de les assimiler.
En avril 1980, les tensions éclatent à la suite du refus des autorités de permettre à l'écrivain berbère Mouloud Mammeri de prononcer une conférence sur l'ancienne poésie berbère à l'Université de Tizi-Ouzou. À Alger et en Kabylie, les étudiants manifestent pour la reconnaissance de la langue et de la culture berbère. Le 20 avril, ils font une grève et occupent l'Université de Tizi-Ouzou.
Face à une opération militaire visant à les déloger, les Berbères déclenchent une grève générale et établissent des barricades partout en Kabylie. Le gouvernement isole la région du reste du pays et écrase le soulèvement après quatre jours d'affrontements violents (32 morts, des centaines d'arrestations).
Moment fort de la lutte des Berbères pour leur identité, ce «printemps berbère», ou «printemps de Tamazight», démontre aussi leur opposition au régime en place. Pour calmer la situation, le gouvernement fait des compromis. Il libère les personnes arrêtées, lève l'état d'urgence et promet de supporter la culture berbère.
En août 1980, une conférence sera organisée pour faire le point sur la crise. Des projets sont élaborés pour l'avancement de la culture berbère, mais avec peu de résultats à court terme. Les Berbères continueront néanmoins leur lutte, revendiquant notamment la reconnaissance de leur langue (Tamazight) comme langue nationale et son enseignement à tous les niveaux du système d'éducation.

Le décès d'un étudiant de gauche, lors d'une altercation avec un groupe islamiste sur un campus universitaire, incite la police algérienne à arrêter des centaines d'activistes musulmans. Les islamistes réagissent en organisant une imposante manifestation qui témoigne de leur influence croissante.
À la fin des années 1970, le mouvement islamiste exprime son opposition à la politique de sécularisation du Front de libération nationale (FLN) et préconise une réhabilitation culturelle du pays basée sur l'islam. Dans cette optique, de petites opérations «d'affirmation» sont lancées : harcèlement de femmes dont l'habillement est jugé inapproprié, attaques de commerces qui servent ou vendent de l'alcool, etc ...
Les revendications s'intensifient en novembre 1982 alors que le mouvement adopte une charte pour la création d'un État islamiste et l'abolition de la Constitution nationale. Le même mois, un affrontement avec des étudiants de gauche à l'Université de Ben Aknoun, se solde par la mort d'un d'entre eux. Elle incite les autorités à intervenir avec force et à arrêter des centaines d'activistes islamistes, dont les chefs du mouvement.
Les islamistes répliquent par une manifestation qui attire plus de 100 000 personnes à la mosquée de l'Université d'Alger. Cette crise démontre le large support dont ceux-ci bénéficient. Sous le président Houari Boumediene, le gouvernement avait tenté de se concilier les islamistes en créant un ministère des Affaires religieuses et en tolérant la présence d'activistes radicaux dans les mosquées.
Percevant la montée de l'islamisme comme une menace, le président Chadli Benjedid adoptera aussi des mesures conciliantes, notamment en ce qui a trait à la dépendance des femmes à leurs familles et leurs maris et à l'élargissement de l'enseignement religieux dans les écoles. Benjedid lancera également un programme pour la construction de 160 mosquées et accroîtra le financement à l'enseignement coranique. Ces mesures ne suffiront toutefois pas à endiguer la montée du mouvement islamiste en Algérie.

La lenteur des autorités algériennes à implanter des réformes économiques et politiques provoque une série de grèves et d'émeutes. Elles seront réprimées brutalement, mais joueront tout de même un rôle dans la révolution politique qui secouera le pays.
En 1985-1986, la chute des revenus pétroliers perturbe l'économie algérienne. En réaction, le gouvernement abandonne le modèle socialiste et se tourne vers une économie de marché. La transition est difficile. Le chômage, l'inflation et la baisse du pouvoir d'achat minent la confiance à l'endroit des dirigeants. Le président Chadli Bendjedid procède également à des réformes politiques.
Il légalise les associations indépendantes et élargit cette liberté à des groupes comme la Ligue algérienne des droits de l'homme. Les mesures d'austérité et le sentiment que le gouvernement est corrompu incitent néanmoins des étudiants, soutenus par des travailleurs, à déclencher des grèves et protester.
D'Alger, le 5 octobre 1988, les troubles s'étendent à tout le pays. Les émeutiers s'attaquent aux propriétés du Front de Libération nationale (FLN), aux mairies, aux postes de police et même aux officiers du gouvernement.
L'état d'urgence est déclaré. À Alger, l'armée intervient avec 10 000 soldats. L'ordre est rétabli le 10 octobre, au prix de 500 à 600 morts, 3 500 arrestations et des dégâts évalués à 250 millions de dollars. Face aux pressions, Bendjedid accepte d'autres réformes démocratiques. Il déclenche des élections, qu'il gagne en décembre 1988, et fait adopter une nouvelle Constitution en février 1989. Elle confirme l'abandon du système socialiste, la garantie de la liberté d'expression, d'association et de réunion, ainsi que le retrait de garanties aux droits des femmes prévues par l'ancienne Constitution.
Par ailleurs, le FLN n'est plus mentionné et le rôle de l'armée est limité à la défense nationale. Ces réformes seront suivies en 1989 par l'introduction d'un système multipartite. La nouvelle situation profitera aux islamistes dont l'influence augmentera rapidement.

Après avoir entamé des négociations avec le FIS (Front islamique de salut) qui venait de connaître un succès éclatant au premier tour des élections législatives, le président de l'Algérie perd le soutien des leaders militaires. Sous de fortes pressions, Chadli Bendjedid remet sa démission le 11 janvier 1992.
Le 12 juin 1990, les premières élections locales qui ont lieu sous le nouveau système électoral algérien sont dominées par le mouvement musulman fondamentaliste FIS. Le 25 mai 1991, le FIS déclenche une grève générale et exige des changements constitutionnels, l'application immédiate de la charia (loi islamique), la démission du président et la tenue d'élections présidentielles. Le 5 juin, Bendjedid déclare l'état d'urgence et ordonne à l'armée de restaurer l'ordre dans le pays. Il faudra attendre le 29 septembre 1991 pour que l'état d'urgence soit levé et que des élections législatives soient annoncées. Les résultats du premier tour, le 26 décembre, donnent au FIS 188 sièges sur une possibilité de 231, ce qui le place en excellente position pour obtenir la majorité au deuxième tour. Bendjedid décide alors de négocier avec les fondamentalistes. La pression des militaires qui s'y opposent est cependant trop forte et il démissionne. Par la suite, le Haut conseil de sécurité (HCS), formé par Ahmed Ghozali et les plus hauts officiels du pays, invalide les résultats des élections et annonce l'annulation du deuxième tour. Le HSC fait arrêter les leaders du FIS, ce qui déclenche une guérilla des fondamentalistes contre les forces de l'ordre. Le 23 février, le parti politique FIS est banni d'Algérie. Loin d'apaiser le climat, ce geste sera suivi par une poussée de violence qui secouera le pays.

La victoire du Front islamiste du Salut (FIS), au premier tour des législatives algériennes de décembre 1991, incite les autorités à annuler le deuxième tour afin d'empêcher cette formation d'accéder au pouvoir. La proclamation de l'état d'urgence, le 29 février, est le prélude à une guerre civile sanglante qui fera plus de 200 000 morts.
La victoire du FIS aux législatives de décembre 1991 créa une onde de choc en Algérie et en Occident. La crainte de voir le FIS contrôler le Parlement incite l'armée à réagir. Elle presse le président Chadli Benjedid à démissionner, le 11 janvier 1992. Son successeur, Mohamed Boudiaf, annule le deuxième tour des législatives. Puis, le 29 février, l'état d'urgence est proclamé pour une durée de 12 mois. Les partis politiques, dont le FIS, sont suspendus, ainsi que toute liberté d'expression et d'assemblée. De plus, l'état d'urgence permet aux cours militaires de se soustraire au respect des droits de l'Homme dans les causes criminelles liées à la sécurité nationale. Un an plus tard, il est prolongé indéfiniment. En octobre 1992, les autorités promulguent un décret anti-terroriste, suivi en décembre par l'établissement de tribunaux anti-terroristes. Entre-temps, les forces de l'ordre procèdent à un ratissage : 9 000 membres du FIS arrêtés sont jugés par des cours militaires ou voient leurs cas transférés aux cours anti-terroristes. Selon un rapport du département d'État américain, ces mesures permettent aux autorités algériennes de mieux contrôler le processus judiciaire. Ainsi, une centaine de membres du FIS sont condamnés à mort en 1992, alors qu'une centaine d'autres sont sommairement exécutés. Le FIS réplique en déclenchant une guerre de guérilla. Après l'assassinat du président Boudiaf, en juin 1992, Ali Kafi devient président. Il sera remplacé par un grand conseil de cinq membres avant que le ministre de la Défense, Liamine Zéroual, n'assume les pouvoirs présidentiels en 1995. En dépit de sa promesse de rétablir la démocratie, l'Algérie vivra une guerre civile sanglante qui fera plus de 200 000 morts en près de 15 ans.

Une tentative d'évasion massive dans une prison à haute sécurité de Serkadji, en Algérie, dégénère en émeute. Après avoir pris douze employés en otages et tué quatre gardes, les mutins subissent une sévère répression. Dans leur assaut, les forces de l'ordre tuent 96 militants islamistes emprisonnés.
Serkadji est une prison à haute sécurité située dans un quartier ouvrier. En 1995, la majorité des 1500 détenus sont des islamistes accusés d'actes terroristes, dont une douzaine de dirigeants. Parmi eux, on retrouve Lembarek Boumaarafi qui a assassiné le président Mohammed Boudiaf en 1992. L'émeute est provoquée par une tentative d'évasion des militants islamistes. Quatre gardes sont tués et 12 employés blessés, mais la tentative avorte devant l'intervention des autorités. Les mutins prennent des otages et demandent l'intervention d'Amnistie internationale et la présence d'avocats connus pour leur défense des droits de l'Homme. Après six heures de négociations, les prisonniers ordonnent aux prisonniers de retourner dans leurs cellules. Ils donnent ensuite l'assaut. Les combats durent de longues heures. En plus des victimes du combat, des prisonniers blessés sont exécutés et des dizaines de cadavres enterrés secrètement dans une fosse commune. Ce massacre, qui se solde par une centaine de morts, aura un grand retentissement au plan national et international. Une commission d'enquête instituée par le ministre de l'Intérieur mènera à une version officielle qui sera appuyée par des survivants du massacre et une commission nationale des droits de l'Homme. Des enquêtes subséquentes apporteront toutefois d'autres éléments. Elles mettront en relief les violations flagrantes des droits de l'Homme commises par les autorités, laissant d'autres questions sans réponses. Certains considèrent même l'hypothèse que l'évasion, orchestrée par les autorités, ait servi de prétexte pour éliminer des opposants politiques du régime. Ces événements surviennent d'ailleurs à un moment où les islamistes accentuent leur campagne de violence contre le gouvernement.

Liamine Zéroual, qui dirige l'Algérie depuis 1994, remporte l'élection présidentielle avec 61,3% des votes. Il devance facilement son plus proche rival, Mahfoud Nahnah du Hamas Islamic Party, qui est le choix de 25,8% des électeurs.
Le succès du Front islamique du salut (FIS) lors du premier tour des élections législatives algériennes, en 1992, est suivi par un coup d'État de l'armée qui empêche la tenue d'un second tour. La suspension du Parlement et de la Constitution et la dissolution du FIS entraînent les représailles des islamistes. Au cours des années qui suivent, l'Algérie est dévastée par une guerre civile qui fait des dizaines de milliers de victimes, dont le président Mohamed Boudiaf, assassiné en juin 1992. Malgré la signature en janvier 1995 d'une entente multipartite visant à faire cesser les hostilités, la campagne qui précède les premières élections présidentielles à plusieurs candidats de l'histoire du pays, le 16 novembre 1995, se déroule dans un climat de violence. Le président en fonction, Liamine Zéroual, est réélu avec un confortable majorité. Mais le scrutin, auquel participent 75% des électeurs éligibles, est boycotté par le FIS. En novembre 1996, Zéroual fera approuver à 85% une nouvelle Constitution qui sera suivie par la tenue d'élections législatives l'année suivante.

Mokhtar Belmokhtar et Hassan Hattab fondent le Groupe salafiste pour la Prédication et le Combat (GSPC). Défenseur d'un islamisme radical, le GSPC succède au Groupe islamiste armé (GIA) comme principal mouvement terroriste en Algérie.
Entre 1994 et 1998, les principaux attentats islamistes en Algérie sont commis par le GIA. Discrédité par les massacres perpétrés à l'égard de la population civile, il est dissous au profit d'un nouveau groupe. C'est ainsi que naît en 1998 le Groupe salafiste pour la Prédication et le Combat (GSPC). Désireux de transformer l'Algérie en un État islamiste, celui-ci rejète les propositions d'amnistie du président Abdelaziz Bouteflika. L'Algérie constitue un terreau fertile pour le GSPC : les Algériens formeraient le tiers des combattants étrangers en Afghanistan et, selon les autorités américaines, ils seraient responsables en 2005 de 20% des attentats suicides en Irak. Le GSPC, qui fait des opérations au Sahel, aurait aussi des cellules liées à lui dans le delta du Niger, en plus d'hériter du réseau établi en Europe par le GIA. Cela lui permet de fournir à ses militants faux documents, refuges, ressources financières, etc. Même si les politiques d'amnistie du gouvernement algérien font baisser son nombre de combattants, le GSPC devient, après 2000, le groupe terroriste algérien le plus efficace. Au printemps 2003, il enlève 32 touristes allemands qu'il relâchera pour une rançon de $6 millions. En 2004, le groupe mène des attaques contre l'armée en Kabylie qui font une vingtaine de morts. De nouveaux chefs, résolument opposés à toute conciliation avec le gouvernement algérien, prennent la tête du GSPC en 2003 et 2004. D'autres actes terroristes, dont des assassinats, sont commis, avant que le groupe ne se dissolve en septembre 2006, et devienne le groupe Al-Qaida en Afrique du Nord.

En 1999, l'Algérie promulgue une loi d'amnistie que la population approuve par référendum. Elle est suivie par un décret de pardon présidentiel visant à mettre fin à la violence qui ravage le pays depuis 1992.
Entre 1995 et 1998, 4 000 insurgés ont bénéficié de la politique de clémence du président Liamine Zéroual, ce qui laisse encore 6 000 combattants islamistes. Le 15 avril 1999, Abdelaziz Bouteflika, un ex-ministre des Affaires étrangères appuyé par l'armée, est élu président en promettant une politique de réconciliation nationale. En juillet, il fait adopter une loi d'harmonie civile qui donne six mois aux membres des groupes armés pour se rendre. La loi leur offre une immunité contre des poursuites, sauf pour ceux qui ont commis des assassinats ou des attentats. En retour, les militants islamistes doivent déposer les armes et déclarer leurs activités passées. La nouvelle politique est approuvée par une majorité écrasante lors d'un référendum tenu le 19 septembre 1999. En janvier 2000, des centaines de membres du Groupe islamique armé (GIA) déposent les armes et acceptent l'amnistie. Trois jours avant l'expiration du délai de six mois, Bouteflika émet un décret accordant son pardon avec force d'amnistie à toutes les personnes qui se rendent volontairement et acceptent de cesser la violence. Celles-ci sont exemptées de faire une déclaration sur leur passé et protégées contre d'autres sanctions. La suspension pour dix ans de leurs droits civiques et politiques est levée, le pardon leur accordant une impunité totale. Le jour suivant, Madani Mezrag, commandant de la Ligue Islamique de la Daâwa (prédication) et du Djihad (guerre sainte), accepte le pardon et dissout son organisation. Le ministre de l'Intérieur affirmera le 20 janvier 2000 que la majorité des combattants se sont rendus, à l'exception de quelques centaines de membres du Groupe salafiste pour la prédication et le combat (GSPC) et d'anciens militants liés au GIA.

La mort d'un lycéen par balles dans une gendarmerie de Beni Douala, une commune de Kabylie, en Algérie, déclenche un mouvement de contestation plus large. Il culmine le 14 juin avec une immense manifestation à laquelle participent environ 2 millions de personnes ralliées derrière un ensemble de revendications.
Depuis l'indépendance, les habitants de la Kabylie, une région située dans le nord-est de l'Algérie, expriment de différentes façons leurs revendications auprès du pouvoir central d'Alger. En 1981, par exemple, un mouvement populaire se manifeste lors du « printemps berbère ». Le 18 avril 2001, la mort d'un lycéen par balles dans une gendarmerie de Beni Douala, en Kabylie, suscite de nouvelles protestations. Un Mouvement citoyen des Aarch, à la structure très décentralisée, voit le jour dans ce contexte. Son influence dépasse rapidement celle des partis politiques. Malgré des appels au pacifisme, la mobilisation donne lieu à des actes de vandalisme contre des lieux de pouvoir et à une sévère répression de la part des autorités, faisant des dizaines de morts et des centaines de blessés. Le 14 juin, une marche pacifique, impliquant environ 2 millions de personnes, se met en branle entre la Kabylie et la capitale, Alger. Les meneurs veulent remettre au gouvernement un document contenant une quinzaine de revendications, baptisée la plate-forme d’El Kseur. Celui-ci déborde les questions autonomistes kabyles et touche d'autres demandes : redéfinition du cadre démocratique algérien, amélioration de la justice sociale et de la situation économique, reconnaissance du tamazight comme langue officielle, etc. Cependant, la violence éclate. De plus, les marcheurs ne peuvent rencontrer le président Abdelaziz Bouteflika. Au cours de ce « printemps noir », on recense 126 morts et plus de 5000 blessés. Des violences d'une moins grande intensité perdurent en 2002. Le retour de l'ex-premier ministre Ahmed Ouyahia, en mai 2003, marquera une ouverture à des négociations sur la base de la plateforme d'El Kseur. Elle entraînera des tensions au sein du mouvement de 2001, créant une division entre les membres plus ouverts au dialogue et ceux qui s'y opposent.

En réaction à une opération des forces de sécurité visant à le démanteler, un groupe terroriste islamiste, membre du mouvement Al-Qaida, commet des attentats suicides à Alger. Ils font 33 morts et plus de 200 blessés.
En septembre 2006, un membre influent d'Al-Qaida annonce l'union du groupe salafiste algérien pour la prière et le combat, du groupe islamiste de combat marocain et du groupe combattant tunisien au sein d'un seul groupe terroriste d'Al-Qaida dans le Maghreb islamiste. En janvier 2007, ce groupe s'étend à la Mauritanie et à la Lybie et passe à l'action. Le mois suivant, la police algérienne frappe les terroristes dans la région montagneuse de Qashra, qui leur sert de base. Elle démantèle aussi un réseau à Constantine, mais le groupe poursuit ses activités. En mars, il fait une offre d'amnistie irrecevable aux forces de l'ordre des pays du Maghreb. Elle est suivie par de nouveaux affrontements, dont des embuscades de convois militaires qui font plusieurs morts. Le gouvernement algérien lance alors une vaste opération militaire anti-terroriste dans l'est du pays avec des blindés et des hélicoptères d'assaut. Al-Qaida réplique avec des attentats à Alger et Casablanca, au Maroc. Le 11 avril, deux attentats suicides frappent simultanément les bureaux du premier ministre algérien Abdelaziz Belkhadem et un poste de police à Bab Ezzouar qui sert aussi de quartier régional à Interpol. Dans le premier cas, l'explosion d'une voiture piégée fait 25 morts et 150 blessés, mais ne touche pas les bureaux du premier ministre. Le deuxième attentat fait huit morts et 50 blessés. Al-Qaida les revendique, mais les autorités marocaines rejettent tout lien entre les attentats d'Alger et ceux de Casablanca. Ces actions montrent la volonté d'Al-Qaida d'ouvrir un nouveau front. En Algérie, Belkhadem exprimera son amertume devant ces attentats, les plus importants à Alger depuis les années 1990. Ils marquent un recul dans la lutte du gouvernement contre le terrorisme.